Часть 1. Дунай : Занавес поднимается

Капитан Кусто вместе со своей дочерью Дианой изучает Дунай с вертолёта, начиная с истоков в Шварцвальде и заканчивая черноморской дельтой реки. Пешком, в "Зодиаке", на каноэ, на ледоколе, команда Кусто исследует внешний бассейн Дуная. В подземных водах, откуда питает свои силы Дунай, путешественники обнаруживают редчайший и загадочный вид - протей, представляющий собой слепую амфибию с алыми жабрами.

Часть 2. Дунай : Мечты Карла Великого

По поводу происхождения великой реки геологи и натуралисты до сих пор ведут споры. Неужели Дунай и в самом деле появился из водосточной трубы, как бродячий кот? Питается ли он за счет заливных лугов, или, наоборот, река, разлившись ручейками, породила сочные луговые травы? Где истоки Дуная? Куда он течет? Рожденный от неизвестной матери, Дунай выплескивает в Черное море воды троих детей, трех рукавов : Сулина, Килия и Святого Георгия. А в своем течении он несет историю Европы и ее богатых традиций.

Часть 3. Дунай : Наводнение

Война следует по пятам за командой Кусто из Югославии. Румынские рыбаки, оставшиеся без работы из-за загрязнения среды и диктатуры, впервые за последние сорок лет отмечают Пасху. Команде Кусто удаётся обнаружить промышленный комплекс, который угрожает не только здоровью рабочих, но и местной подводной живности. В окружении экспертов капитан Кусто посещает ядерный завод в Болгарии, в Кослоди. В дельте Дуная, команда исследует место кораблекрушения русского грузового корабля, практически полностью перекрывшего течение. Радостная толпа детей запускает воздушных змеев, раскрашенных в цвета девяти стран, которые расположены на берегу Дуная.